دعت منظمتا العفو الدولية وهيومن رايتس ووتش إلى التحقيق في قتل قوات إسرائيلية 19 ناشطاً وإصابة 26 آخرين كانوا على متن سفن أسطول الحرية المتجه إلى قطاع غزة محملا بالمساعدات الإنسانية.
وقال مدير شؤون الشرق الأوسط وشمال أفريقيا بمنظمة العفو الدولية مالكوم سمارت إن من الواضح أن القوات الإسرائيلية لجأت إلى استخدام القوة المفرطة.
ودعت نظيرته في منظمة هيومن رايتس ووتش سارة ليه ويتسون إلى إجراء "تحقيق فوري ونزيه وموضوعي" يكون مراقبا من قبل المجتمع الدولي عن كثب "لضمان وفائه بالمعايير الدولية الأساسية، ولضمان مثول المخطئين أمام العدالة"، لافتة إلى أن إسرائيل لديها "سجل سيئ فيما يتعلق بالتحقيق في (عمليات) قتل غير قانونية على يد قواتها المسلحة".
وقد لقي الهجوم الإسرائيلي تنديدا دوليا واسعا، حيث دعا الاتحاد الأوروبي إسرائيل إلى إجراء تحقيق كامل في القضية، كما عقد سفراء الدول الأعضاء بالاتحاد اجتماعا طارئا لبحث الموقف.
كما أدانت دول أخرى بشدة التصرفات الإسرائيلية وطالبت بإنهاء الحصار الإسرائيلي لغزة، واستدعت بعض الدول سفراء إسرائيل المعتمدين لديها لتقديم إيضاحات بشأن التصرف الإسرائيلي.
لكن الولايات المتحدة عطلت مشروع البيان الرئاسي الذي تقدمت به تركيا بدعم عربي إلى مجلس الأمن الدولي بشأن الهجوم الإسرائيلي ورفضت إدانة إسرائيل، كما عطلت مطالبة البيان بتحقيق مستقل في الهجوم خلال ثلاثين يوماً.
واكتفى الرئيس الأميركي باراك أوباما بمطالبة إسرائيل بالإفصاح السريع عن الحقائق والملابسات المرتبطة بالواقعة، معرباً عن أسفه لسقوط ضحايا.